Trận chiến này là một trận thất bại thảm hại cho đế quốc Ottoman, nhất là vì họ chưa từng thua một trận hải chiến lớn nào kể từ thế kỷ 15. Với một nửa thế giới Ki-tô giáo, trận chiến này mang lại hy vọng về sự suy tàn của "bọn Thổ", những người mà họ coi là "kẻ thù vĩnh viễn của người Ki-tô giáo". Sự thực là, ngoại trừ 30 chiến thuyền, Đế quốc Ottoman mất toàn bộ số chiến thuyền của mình và 30 ngàn binh lính,[6] một số sử gia phương Tây đánh giá trận này là trận chiến hải chiến quan trọng nhất toàn cầu, kể từ trận Actium năm 31 trước Công nguyên.

Thắng lợi ở Lepanto được xem là chiến thắng lớn nhất của người Ki-tô giáo trước Hồi giáo, kể từ sau cuộc xâm chiếm xứ Granada vào năm 1492.[8] Mặc dù giành được chiến thắng oanh liệt, nhưng nội bộ Liên minh quá mất đoàn kết để có thể phát huy chiến quả. Kế hoạch đánh chiếm eo biển Dardanelles như một bước khởi đầu cuộc tái chinh phục Constantinopolis cho thế giới Ki-tô giáo bị bỏ bê vì những cuộc cãi vã trong hàng ngũ đồng minh. Với một nỗ lực phi thường và nguồn nhân lực dồi dào[8], Đế chế Ottoman tái xây dựng hải quân của mình, mô phỏng theo mô hình thuyền chiến galeass của người Venezia. Tới năm 1572, họ đã đóng được hơn 150 galley và 8 galleass, tức đã thêm 8 chiến hạm loại lớn nhất cho tới lúc đó trên biển.[9] Trong vòng 6 tháng, hạm đội mới gồm 250 thuyền (kể cả tám galleass) đã cho phép hải quân Ottoman tái lập thế thượng phong trên phần phía đông Địa Trung Hải.[10] Ngày 7 tháng 3 năm 1573, người Venezia ký hiệp ước chấp nhận việc quân Thổ chiếm hữu đảo Síp, vốn đã rơi vào tay quân Thổ dưới quyền Piyale Pasha từ ngày 3 tháng 8 năm 1571, chỉ hai tháng trước trận Lepanto, và sẽ còn nằm dưới ách thống trị của Thổ trong vòng 3 thế kỷ tiếp đó. Cũng trong mùa hè năm đó, hạm đội Ottoman tàn phá các vùng đất ven biển Sicilia và phía nam nước Ý. Khi tiếp sứ Venezia là Barbaro, Đại Vizia Thổ là Sokollu Mehmet Pasha (1565-1579) đã có câu nói nổi tiếng: "Khi giành được đảo Síp, ta chặt đi một cánh tay của các ngươi; khi đánh bại được hạm đội của ta, các người chỉ xén đi được bộ râu của ta mà thôi. Khi cánh tay bị chặt đi, nó không thể mọc lại được, một bộ râu bị xén sẽ mọc lại còn tốt hơn trước."

Dù mạnh miệng tuyên bố, nhưng trên thực tế, tổn thất của phía Ottoman hết sức nghiêm trọng có tầm vóc chiến lược. Họ có thể xây thêm thuyền chiến dễ dàng,[6] nhưng khó lòng kiếm được người điều khiển chúng, vì bao nhiêu thủy thủ và phu chèo thuyền giàu kinh nghiệm đã bị mất đi sau trận đánh này. Đặc biệt nghiêm trọng là sự tổn thất đại bộ phận số cung thủ sử dụng cung tổng hợp, là vũ khí ưa chuộng của người Thổ, vốn được đánh giá cao hơn cả hỏa khí và cây cột nhọn ở mũi thuyền dùng để đâm tàu đối phương. Sử gia John Keegan đánh giá là sự mất mát cả một lớp tinh binh này khó lấy gì bù đắp được trong cả một thế hệ tiếp đó, và trên thực tế, tương ứng với sự "chết đi của một huyền thoại sống" với người Ottoman.[6] Cuối cùng, người ta phải sử dụng một số lớn tù phạm để thế chỗ cho những nô lệ Ki-tô giáo được giải thoát sau trận đánh. Song, nhà quý tộc Áo là Khevenhüller đã tỏ thái độ thất vọng qua nhật ký của ông, bởi vì chiến thắng Lepanto không thể đem lại một tấc đất nào cho Ki-tô giáo.[8]

Năm 1574 những người Ottoman hạ được thành phố Tunis có vị trí chiến lược từ triều đại Hafsid, được Tây Ban Nha ủng hộ, vốn đã được tái lập khi quân của Don Juan tái chiếm từ tay quân Ottoman năm trước. Lợi dụng cuộc liên minh lâu dài với người Pháp, hải quân Thổ tái hoạt động trên vùng biển phía tây Địa Trung Hải. Năm, họ đánh chiếm thành phố Fes, thuộc Maroc, hoàn tất quá trình chinh phục Maroc mà người Ottoman đã bắt đầu từ thời Suleiman Đại đế (1520-1566). Việc kiểm soát thành phố này cho phép thiết lập quyền bá chủ của đế chế Ottoman trên toàn bộ miền duyên hải Địa Trung Hải, từ eo biển Gibraltar cho tới Hy Lạp (chỉ ngoại trừ thành phố thương mại Oran do người Tây Ban Nha kiểm soát, và các khu dân cư ở Melilla và Ceuta). Tuy vậy, việc mất đi quá nhiều thủy thủ giày dặn kinh nghiệm tại Lepanto đã làm hao mòn sức chiến đấu của hải quân Ottoman, thể hiện qua việc họ tìm cách giảm thiểu các cuộc chạm trán với hải quân các quốc gia Ki-tô giáo trong những năm kế tiếp. Sử gia Paul K. Davis cho biết:

"Thất bại của quân Thổ đã chặn đứng sự bành trướng của họ trên Địa Trung Hải, và như vậy duy trì ưu thế của phương tây ở đây, đồng thời tăng thêm niềm tin là họ có thể đánh bại quân Thổ, vốn trước đây là bất khả chiến bại."[11]

Như vậy, chiến thắng của Liên minh có ý nghĩa quan trọng chiến lược, không phải chỉ vì quân Thổ mất 80 chiến thuyền bị đánh đắm và 130 chiến thuyền khác rơi vào tay quân đồng minh, cũng như mất 30 ngàn quân tử trận và chừng 12 ngàn nô lệ Ki-tô giáo được giải phóng, trong khi quân đồng minh chỉ mất chừng 7500 người chết và 17 galley, mà vì chiến thắng này báo hiệu sự kết thúc của quyền bá chủ của hải quân Thổ Nhĩ Kỳ trên biển Địa Trung Hải.[6][12]